Doświadczenie stygmatów przejmujące i jedyne w swoim rodzaju, którego Franciszek doświadczył dwa lata przed swoją śmiercią, stało się dla niego szczytem jego wędrówki duchowej i ewangelicznej. Wędrówka ta uczyniła go wiernym naśladowcą Chrystusa. Potwierdza to Klara, kiedy stwierdza: "błogosławiony ojciec nasz Franciszek, prawdziwy miłośnik i naśladowca Chrystusa" (TKl 5).W tym sensie "znamię Chrystusa" odciśnięte na ciele Franciszka jest naturalną konsekwencją jego życiowej drogi. Nosząc stygmaty męki Pana wchodzi jeszcze głębiej w tajemnicę "Miłości niekochanej", doświadcza jego miłosierdzia, dobroci, słodyczy. Tak opisuje nam swoje osobiste doświadczenie św. Franciszek, w którym Jezus dał mu się poznać w niespotykanej bliskości: "Ty jesteś cierpliwością, Ty jesteś pięknością, Ty jesteś bezpieczeństwem, …" (KLUw 4).Stygmaty Franciszka są więc konsekwencją duchowego dojrzewania prawdziwego miłośnika i naśladowcy Chrystusa, ale są też czymś oryginalnym i nowym w jego duchowym wzroście.