Zakon franciszkański powstał w 1209 roku. Jego założycielem jest św. Franciszek z Asyżu, który żył w średniowieczu, w latach 1182-1226. Jeszcze za życia Biedaczyny z Asyżu jego duchowi synowie dotarli do wielu krajów Europy, zakładając tam klasztory. Wkrótce po jego śmierci, franciszkanie, poprzez Niemcy i Czechy, dotarli do Polski i zamieszkali w największych ówcześnie miastach: we Wrocławiu (1236), Krakowie (1237), Opolu (ok. 1238), Inowrocławiu (1238), Toruniu (1239), Szczecinie (1240) oraz w innych miejscowościach. Na Podkarpaciu franciszkanie najwcześniej osiedlili się w Przemyślu (1237), w Sanoku (1377) i w Krośnie (1378). W ciągu kolejnych wieków obecności w południowo-wschodniej Polsce zakonnicy prowadzili działalność misjonarską, edukacyjną i duszpasterską, skoncentrowaną wokół klasztorów. Franciszkanie początkowo kładli podwaliny pod struktury Kościoła łacińskiego na terenach Rusi i ziemiach przyległych, w tym czasie docierali aż do Mołdawii. Dopiero w latach 60-tych XX wieku przydzielono franciszkanom parafie. W zachowanych do dzisiaj dokumentach Sanok wzmiankowany jest już w roku 1150, jako wczesnośredniowieczny gród. Prawa miejskie uzyskał od księcia halickiego w 1339 roku. Król Kazimierz Wielki w 1344 roku włączył miasto do Korony. Sanok był siedzibą kasztelanii i starostwa grodowego. Stąd pochodził słynny humanista arcybiskup Grzegorz z Sanoka (1406-1477). Powstanie klasztoru franciszkanów w Sanoku wiąże się z postacią księcia Władysława Opolczyka. Z jego inicjatywy w latach 1372-1376 budowano za murami miejskimi kościół pw. Najświętszej Panny Marii, który został nadany zakonowi minorytów ze Lwowa, czyli franciszkanom. Mówi o tym przywilej z 27 lutego 1377 roku, wystosowany do Macieja, arcybiskupa lwowskiego i Macieja, burgrabiego sanockiego, polecając wyposażenie franciszkanów w dwór. Oba te budynki były drewniane i znajdowały się poza murami miasta. Królowa węgierska Elżbieta (siostra Kazimierza Wielkiego i matka króla Ludwika) w roku 1384 wydała zgodę na przeniesienie się franciszkanów w obręb miasta. Niektórzy historycy twierdzą, że na przesiedlenie się franciszkanów w obręb miasta zezwoliła Elżbieta Bośniaczka, żona Ludwika Węgierskiego, a matka królowej Jadwigi. Wkrótce po zamieszkaniu wewnątrz miasta, franciszkanie zbudowali klasztor i kościół pw. Znalezienia Krzyża Świętego. Kościół ten był pierwotnie drewniany, miał murowaną zakrystię. Sanok wielokrotnie niszczony był przez groźne pożary: w latach 1457, 1470, 1514 i 1566. Z tego ostatniego ocalał kościół, jednak kolejny pożar, w 1604 roku, strawił także świątynię. Dwa lata później, w roku 1606, Piotr Bal, podkomorzy Sanocki, wybudował franciszkanom kościół murowany. W roku 1612 na terenie klasztoru obradował sejmik szlachecki. W ciągu stuleci zakonnicy udzielali schronienia okolicznej ludności podczas nieprzyjacielskich napadów oraz klęsk żywiołowych. Kolejny groźny pożar strawił kościół i klasztor w 1632 roku. W latach 1632-1640 odbudowano go na nowo, z kamienia łamanego. Nowe zabudowania klasztorne były jeszcze drewniane, dopiero w 1717 roku rozpoczęto wznoszenie klasztoru murowanego. Kolejne skrzydła czworoboku wybudowano w latach 1722-1747 oraz 1758-1775. W roku 1848 dobudowano kondygnację piętrową. Wkrótce jednak niektóre pomieszczenia klasztorne zostały przeznaczone przez austriackiego zaborcę na areszt i tzw. sąd cyrkularny. Cesarz Józef II swoimi dekretami utrudniał życie klasztorne i skonfiskował srebrne wyposażenie kościelne. Kościół franciszkański płonął jeszcze w kolejnych latach: 1676, 1743, 1872 (spalił się dach i zawaliło sklepienie). Po pożarze z 1872 roku kościół franciszkański gruntownie przebudowano, było to w roku 1886. Odbudowano wtedy sklepienia i dach. W roku 1895 przebudowano wieżę, a rok później wzniesiono wieżyczkę na sygnaturkę. Po doszczętnym spaleniu kościoła parafialnego (farnego) pw. Św. Michała Archanioła, świątynia klasztorna w latach 1782-1886 służyła całemu miasta, pełniąc funkcję kościoła parafialnego. 1 lipca 1969 roku bp Ignacy Tokarczuk, ówczesny ordynariusz przemyski, erygował przy kościele franciszkańskim parafię pw. Podwyższenia Krzyża Świętego i Matki Bożej Pocieszenia. W latach 1998-1999 w kościele prowadzone były prace archeologiczne i konserwatorskie. Odkryto wówczas średniowieczne cmentarzysko, XIV-wieczne mury, a w kaplicy św. Franciszka odsłonięto XVIII-wieczne polichromie. 19 marca 2005 roku abp Józef Michalik, metropolita przemyski, ustanowił przy tym kościele sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia – Pani Ziemi Sanockiej.